WANG Peng,ZHANG Zhen-yu,MA Ling-ling,et al.Optimization of SSR-PCR Reaction System and Primers Screening of Lagerstroemia indica L.[J].HEILONGJIANG AGRICULTURAL SCIENCES,2013,(09):17-21.
紫薇SSR-PCR反应体系优化和引物筛选
- Title:
- Optimization of SSR-PCR Reaction System and Primers Screening of Lagerstroemia indica L.
- 文章编号:
- 1002-2767（2013）09-0017-05
- 分类号:
- S685.99
- 文献标志码:
- A
- 摘要:
- 为加强紫薇分子遗传学研究，以紫薇叶片DNA为模板，采用4因素(模板浓度、dNTP、引物浓度、酶浓度）3水平的L9(34)正交设计，优化紫薇的SSR-PCR反应体系，并对24对紫薇SSR引物进行了筛选。结果表明：紫薇10 μLSSR-PCR的最优反应体系为：Taq酶0.2 U、Mg2+ 2.5 mmol.L-1、dNTP 0.15 mmol.L-1、F-primer 0.25 mmol.L-1、R-primer 0.25 mmol.L-1、DNA 60 ng，ddH2O补至10 μL；24对EST-SSR引物筛选出可扩增出条带的引物23对，其中16对具有多态性，共扩增出清晰条带68条，差异条带39条。
- Abstract:
- In order to further research the molecular markers of Lagerstroemia indica L.,taking DNA of Lagerstroemia indica L.as template,several important parameters influencing SSR-PCR amplification were studied with an orthogonal design by four factors and three levels,as to establish the optimum SSR-PCR reaction system,and the primers were screened from 24 pairs of SSR primers.The results showed that the optimal SSR-PCR reaction system was established as a total volume of 10 μL including Taq DNA polymerase 0.2 U,Mg2+ 2.5 mmol?L-1,dNTPs 0.15 mmol?L-1,0.25 mmol?L-1 of each primer and template DNA 60 ng,deionized water to 10 μL.23 pairs of available primers were screened from 24 pairs of EST-SSR primers,there were 16 pairs of polymorphism primers amplified out 68 clear bands,39 bands with differences.
参考文献/References:
[1] 陈俊愉.中国花卉品种分类学[M].北京：中国林业出版社,2001：162-171.
[2]方文培,张泽荣.中国植物志(第52卷第2分册)[M].北京：科学出版社,1983：67-92.
[3]靳晓翠,范义荣.紫薇种质资源概况及应用现状分析[J].河北农业科学,2009,13(1):16-17.
[4]宛成刚,吴锦华.小花紫薇的引种栽培与园林应用[J].中国花卉园艺,2002(22):22-23.
[5]桂育谦.矮生紫薇如何栽培与应用[J].中国花卉园艺,2004(10):32-33.
[6]纵伟,夏文水.大叶紫薇的化学成分和生理功能研究进展[J].食品与药品,2006,8(6):21-24.
[7]王献.我国紫薇种质资源及其亲缘关系的研究[D].北京：北京林业大学,2004：36-38.
[8]顾翠花,王守先,张启翔.我国紫薇属植物AFLP分子标记体系的优化[J].浙江林学院学报,2008,25(3):298-230. [9]王献,柴永生,职永普.紫薇叶片DNA的提取及AFLP反应体系的建立[J].河南农业大学学报,2004,38(2):189-192.
[10]王献,张启翔,杨秋生,等.利用AFLP技术研究紫薇的亲缘关系[J].北京林业大学学报,2005,27(1):59-63.
[11]Pooler M R.Molecular genetic diversity among 12 clones of Lagerstroemia fauriei revealed by AFLP and RAPD markers [J].Hortscience,2003,38:256-259.
[12]Cai M,Meng R,Pan H T,et al.Isolation and characterization of microsatellite markers from Lagerstroemia caudata(Lythraceae)and cross-amplification in other related species [J].Conservation Genet Resour,2010,2:89-91.
[13]张亚东,杨彦伶.湖北保康不同花色野生紫薇的RAPD分析[J].分子植物育种,2004(5):683-688.
[14]徐静静,王立新,郁建锋.不同花色紫薇的ISSR分析[J].常熟理工学院学报：自然科学,2010,24(4):13-17.
[15]Wang X,Dean D,Wadl P,et al.Development of microsatellite markers from crape myrtle(Lagerstroemia L.)[J].Hortscience,2010,45:842-844.
[16]Fossati T,Labra M,Castiglione S,et al.The use of AFLP and SSR molecular markers to decipher homonyms and synonyms in grapevine cultivars:The case of the varietal group known as“Schiave”[J].Theor.Appl.Genet,2001,102:200-205.
[17]Levinson G,Gutman G A.Slipped-strand mispairing:a major mechanism for DNA sequence evolution [J].Mol.Biol.Evolut.,1987,4:203-281.
[18]李卫国,常天俊,龚红梅.EST-SSR及其在植物基因组学研究中的应用[J].生物技术,2008(4):90-93.
[19]陈怀琼,隋春,魏建和.植物SSR引物开发策略简述[J].分子植物育种,2009,7(4):845-851.
[20]Porebski S,Bailey L G,Baum B R.Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components [J].Plant Molecular Biology Reporter,1997,15(1):8-15. [21]李媛媛,郭修武,代汉萍,等.树莓SSR体系的建立及优化[J].沈阳农业大学学报,2009,40(4):478-480.
[22]李芳,周龙,胡建芳.新疆野生樱桃李SSR体系的建立及应用[J].北方园艺,2010(13):120-123.
[23]时剑,童再康,黄华宏,等.中国石蒜SSR体系的建立及性状对应分析[J].园艺学报,2011,38(3):571-578.
备注/Memo
收稿日期：2013-06-24
基金项目：江苏省农业自主创新资金资助项目[CX(11)1039]；江苏省科技公共服务平台资助项目（BM2012058）；江苏省农业三新工程资助项目[SXGC(2012)412]；南京市现代农业生产技术资助项目（201201021）；江苏省自然科学基金资助项目（BK2012377）
第一作者简介：王鹏（1981-），男，山东省邹平县人，博士，助理研究员，从事观赏植物分子遗传学研究。E-mail:zzy_199101@139.com。
通讯作者：李亚（1969-），男，安徽省颍上县人，博士，研究员，从事观赏植物研究。E-mail:yalicnbg@yahoo.com.cn。