[1]侯雪珂,邹晗笑,谭运洪.马蹄参叶绿体基因组结构及SSR特征分析[J].黑龙江农业科学,2026,(09):40-47.[doi:10.11942/j.issn1002-2767.2026.09.0040]
　HOU Xueke,ZOU Hanxiao,TAN Yunhong.Analysis of Chloroplast Genome Structure and SSR Characteristics in Diplopanax stachyanthus[J].HEILONGJIANG AGRICULTURAL SCIENCES,2026,(09):40-47.[doi:10.11942/j.issn1002-2767.2026.09.0040]

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马蹄参叶绿体基因组结构及SSR特征分析

《黑龙江农业科学》[ISSN:1002-2767/CN:23-1204/S] 卷: 期数: 2026年09 页码: 40-47 栏目: 出版日期: 2026-09-10

Title:: Analysis of Chloroplast Genome Structure and SSR Characteristics in Diplopanax stachyanthus

文章编号:: 6

作者:: 侯雪珂1; 2; 邹晗笑1; 3; 谭运洪1; （1.中国科学院西双版纳热带植物园综合保护中心，云南勐腊 666303； 2.中国科学院大学生命科学学院，北京 101400； 3.广西民族大学海洋与生物技术学院，南宁广西 530000）

Author(s):: HOU Xueke1; 2; ZOU Hanxiao1; 3; TAN Yunhong1; (1.Center for Integrative Conservation, Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences,Mengla 666303, China; 2.College of Life Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 101400, China; 3.College of Marine and Biotechnology, Guangxi University for Nationalities, Nanning 530000, China)

关键词:: 马蹄参; 叶绿体基因组; 简单重复序列; 密码子使用偏好; 种质资源

Keywords:: Diplopanax stachyanthus; chloroplast genome; Simple Sequence Repeats (SSRs); codon usage bias; germplasm resources

DOI:: 10.11942/j.issn1002-2767.2026.09.0040

文献标志码:: A

摘要:: 为明确该珍稀林木叶绿体基因组结构演化规律、开发适用于林木种质鉴定与种群遗传评价的分子标记，依托高通量测序技术，对覆盖全域分布的14个马蹄参（Diplopanax stachyanthus）自然居群开展叶绿体基因组组装、注释及比较分析。结果表明，马蹄参叶绿体基因组呈典型四分体结构，由LSC、SSC及一对IR（IRa、IRb）组成，全长介于158 509~159 027 bp，GC含量为37.7%~37.8%，其中IR区GC占比显著高于LSC和SSC区。密码子偏好分析显示，最优密码子大多以A或U碱基结尾。共检测到46~51个SSR位点，以A/T单核苷酸重复为主，居群间SSR数量与类型高度保守，差异微弱。IR边界对比显示，不同样本基因排布基本一致，仅rps19、ndhF等少数基因在跨边界长度上存在小幅波动。所筛选的SSR位点多态性丰富、稳定性强。

备注/Memo

收稿日期：2026-03-23 基金项目：国家自然科学基金项目（32570248）。第一作者：侯雪珂（2001—），女，硕士研究生，从事植物多样性保护研究。E-mail：houxueke@xtbg.ac.cn。通信作者：谭运洪（1978—），男，学士，正高级工程师，从事植物多样性与保护研究。E-mail: tanyunhong@xtbg.ac.cn。

更新日期/Last Update: 2026-09-10